Les joueurs pourront choisir entre trois formules pour découvrir Metro 2039. Le jeu sera vendu seul à 69,99 €, tandis qu’une version enrichie à 99,99 € proposera des contenus supplémentaires, dont une extension narrative et plusieurs bonus numériques ou physiques selon l’édition. Un coffret destiné aux collectionneurs sera également disponible au prix de 299,99 €, avec une réplique de casque spartiate à porter et un exemplaire du jeu.
