Crash Bandicoot 2 : Cortex Strikes Back poursuit directement l'histoire du premier opus. C’est dans ce premier jeu que l’on découvre les cristaux. Pour asseoir son plan, Cortex construit une station orbitale avec l’aide de son fidèle acolyte, le Dr N. Brio.
Dans Crash Bandicoot 2, vous devrez parcourir cinq niveaux dans chaque warp-room et affronter un boss pour débloquer la warp-room suivante. Le jeu compte cinq warp-rooms, chacune avec un thème unique. De nouveaux mouvements sont également disponibles, comme ramper, le saut-papillon ou la glissade. Les environnements sont plus variés que jamais, allant des niveaux enneigés aux décors futuristes, en passant par les égouts et bien d’autres encore.

Il faudra récupérer les cristaux.
Le jeu propose également plusieurs gadgets, comme le JetSurf et le JetPack, sans oublier les niveaux à parcourir sur le dos de Polar, le petit ourson. Bien sûr, il contient aussi des niveaux cachés à découvrir ainsi que des gemmes à collecter dans chaque niveau.

Les personnages vous communiqueront en hologramme.